El empresario, Sr. Fernando Crespo, descubre la Sinagoga del Agua durante una intervención inmobiliaria realizada en varios inmuebles que conformaban este espacio y que están situados en el corazón del centro histórico de Úbeda. La idea originaria del proyecto inmobiliario era transformar las antiguas viviendas en apartamentos, locales comerciales y aparcamientos. Tras el descubrimiento de diversos elementos como los arcos de la Sinagoga, la Galería de Mujeres y el Baño Ritual (Mikvéh) se desecha el proyecto inicial. La recuperación del espacio comienza en 2007 y a partir del 27 de febrero de 2010 se abre al público. En base a estudios ya existentes podemos hablar de una Sinagoga anterior al siglo XIV.
La visita a la Sinagoga del Agua transcurre a través de seis salas: